Es el desplazamiento de una especie de una zona a otra por periodos definidos. Puede ocurrir por distintos motivos, entre los que se destacan la necesidad de sitios propicios para el descanso, alimentación y reproducción.

Periódicamente, las aguas del Mar de Cortés se vuelven muy ricas en nutrientes, que son base de la alimentación de peces de todos los tamaños. Además, algunas bahías e islas son zonas seguras para muchas especies de fauna.

Entre la fauna migratoria del Mar de Cortés se encuentran: la ballena gris, tiburón ballena, tortuga golfina, tortuga verde del Pacífico, tortuga carey, calamar de Humboldt, cachalote y el chorlo nevado.